Video: BAM индекс файлы деген эмне?
2024 Автор: Lynn Donovan | [email protected]. Акыркы өзгөртүү: 2023-12-15 23:50
А BAM файлы (. бам ) SAMдын бинардык версиясы файл . A SAM файл (. sam) өтмөк менен бөлүнгөн текст файл ырааттуу тегиздөө маалыматтарын камтыйт. Индекстөө : IGV эки SAM жана талап кылат BAM файлдары позициясы боюнча сорттолот жана индекстелген , жана бул индекс файлдары белгилүү бир ат коюу конвенциясын аткарыңыз.
Ошо сыяктуу эле, адамдар BAM файлын кантип ачсам болот?
From Файл меню тандоо Open жана тандаңыз BAM файлдары сол тараптан. Кошуу деген оң жактагы баскычты тандаңыз BAM файлы . дегенге өтүңүз БАМ Сыноо Файлдар сиз жүктөгөн папканы тандоо менен_index_with_graph. Click Open , картаны тандаңыз.
Экинчиден, BAM файлын кантип Fastqка айландырсам болот? Төмөндө BAM файлын FASTQ форматына айландыруу кадамдары бар. Бул Linux'та иштейт жана SAMTOOLS жана BEDTOOLS талап кылынат
- SAMTOOLS жүктөп алыңыз.
- Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2 аркылуу үзүндү.
- Ал samtools-версия деген папканы түзөт.
- CD samtools-версия каталогуна өтүңүз.
Ошо сыяктуу эле, кантип BAM файлын SAM файлына айландырсам болот?
үчүн SAM айландыруу чейин БАМ , биз samtools көрүү буйругун колдонобуз. Биздин киргизүү бар экенин такташыбыз керек SAM форматы (демейки боюнча ал күтөт БАМ ) -S опциясын колдонуу. Биз ошондой эле чыгарууну каалайбыз деп айтууга тийишпиз БАМ (демейки боюнча ал өндүрөт БАМ ) -b варианты менен.
Samtools көрүнүшү эмне кылат?
Samtools BAM форматындагы тегиздөөлөрдү башкарган утилиталардын жыйындысы. Ал SAM (Sequence Alignment/Map) форматынан импорттойт жана ага экспорттойт, кылат сорттоо, бириктирүү жана индекстөө, ошондой эле каалаган аймактарда окууларды тез арада алууга мүмкүндүк берет. Samtools агымда иштөө үчүн иштелип чыккан.
Сунушталууда:
Индекс тез толук сканерлөө деген эмне?
Ыкчам толук индексти сканерлөө индексте суроо үчүн зарыл болгон бардык мамычаларды жана жок дегенде бир мамычаны камтыса, толук таблицаны сканерлөөнүн альтернатива болуп саналат. индекс ачкычы NO NULL чектөөсүнө ээ. Ыкчам толук сканерлөө таблицага кирбестен, индекстин өзүндөгү маалыматтарга жетет
Мисал менен SQL серверинде кластердик индекс деген эмне?
Кластердик индекс. Кластердик индекс таблицада маалыматтар физикалык түрдө сакталуу тартибин аныктайт. Таблица маалыматтарын бир гана жол менен сорттоого болот, ошондуктан, бир таблицада бир гана кластердик индекс болушу мүмкүн. SQL серверинде негизги ачкыч чектөөсү автоматтык түрдө ошол тилкеде кластердик индексти түзөт
Терадатадагы экинчи индекс деген эмне?
Экинчилик индекс (SI) маалыматтарга жетүү үчүн альтернативдүү жолду сунуш кылат. Таблицаны түзүү учурунда гана аныктала турган Негизги индекстен айырмаланып, экинчилик индексти таблица түзүлгөндөн кийин да түзүүгө/таштоого болот
Индекс функциясынын таблицасы деген эмне?
INDEX() функциясы бөлүмдөгү учурдагы саптын индексин мааниси боюнча эч кандай сорттоосуз кайтарат. INDEX() Date бөлүгүндө эсептелгенде, ар бир саптын индекси 1, 2, 3, 4…, ж.б., келгиле, Таблицадагы бир мисалды карап көрөлү, бул эмнени билдирерин чындап көрө аласыз
SQLде индекс жана түзүү индекси деген эмне?
SQL CREATE INDEX билдирүүсү. CREATE INDEX оператору таблицаларда индекстерди түзүү үчүн колдонулат. Индекстер маалымат базасынан маалыматтарды тезирээк алуу үчүн колдонулат. Эскертүү: Индекстери бар таблицаны жаңыртуу жадыбалды жаңыртууга караганда көбүрөөк убакытты талап кылат (анткени индекстер да жаңыртылышы керек)